MTs Negeri 9 Bantul terus berupaya memberikan fasilitas yang memadai untuk pembelajaran peserta didik, seperti penyediaan ruang kelas yang representatif dengan dilengkapi LCD proyektor.
Pembelajaran IPA menjadi lebih seru dengan berbagai praktik di Laboratorium IPA MTs Negeri 9 Bantul.
Laboratorium Komputer disediakan untuk memberi ruang peningkatan kompetensi dalam bidang teknologi digital kepada seluruh peserta didik MTs Negeri 9 Bantul.
Perpustakaan yang nyaman disediakan untuk memberikan wadah peserta didik dalam mengakses berbagai pengetahuan baru di dalam buku-buku.